Estudió ciencias químicas en Salamanca. Su actividad estuvo centrada en el comercio de materias primas y en la maquinaria. Tras una larga vida profesional, quiso mantener activo su vínculo con la Familia Imperial austriaca y reactivó el Comité Español por la Unión Paneuropea, de la que era presidente internacional el Archiduque Otto. Por su empuje se creó el Premio Otto de Habsburgo. Buen hijo de su padre, Juan Daniel Wakonigg Poirier fue –como dice Íñigo Méndez de Vigo- un gran señor vasco y español que hizo de Europa la patria de su elección.